Der Name der Burschenschaft geht auf eine mittelalterliche Burganlage der Freiherren von Regensberg zurück. Lütold V. soll 1240 das Städtchen Glanzenberg am gegenüberliegenden Limmatufer des heutigen Dietikon gegründet und die vorbestehende Burg Fahr («Glanzenburg») ausgebaut haben. Glanzenberg und -burg wurden 1267/68 während der Regensberger Fehde von Graf Rudolf IV. von Habsburg im Auftrag der Stadt Zürich zerstört. 1301 verkaufte Lütold VIII. das Gebiet Glanzenbergs dem Kloster Fahr, das bis heute Grundeigentümerin ist. Die Burgruine ist heute ein kulturhistorisches Denkmal des Kantons Zürich.

Die Gründung der Burschenschaft ist eng verbunden mit der Person Eugen Theodor Rimlis. Nach einem Fuxensemester bei der AKV Alemannia zu Freiburg im Üechtland trat er während seines Studiums in Bonn in den 1930er Jahren der KDB Sigfridia bei. Zur Zeit deren Zwangssuspendierung 1936 durch das NS-Regime war er Ringführer im Ring Katholischer Deutscher Burschenschaften. Im selben Jahr wurde Rimli als Auslandkorrespondent wegen «unsachlicher, gehässiger Artikel in Schweizer Zeitungen» aus Deutschland ausgewiesen. Seine journalistische Tätigkeit setzte er anschliessend in der Schweiz fort.

Nach 1945 engagierte er sich für die Wiedergründung katholischer Burschenschaften, allen voran der KDB Sigfridia. Altherren aus den katholischen Burschenschaften Deutschlands und Österreichs sammelten sich während dieser Zeit in der Bodenseeregion im Philisterzirkel Alpenland, dem auch Rimli angehörte.

Auf Initiative Rimlis und unterstützt vom Philisterzirkel Alpenland wurde im Wintersemester 1955/56 in Zürich der Kontakt mit Studenten gesucht, um eine katholische Burschenschaft zu gründen. Im Sommer 1957 lernte Rimli den Verbindungsstudenten Adolf Alois Steiner kennen, der diese Idee ebenfalls unterstützte. Im Winter 1958/59 wurden mit Jacques Barman, Sándor Leitner und Hans Peter Held drei Studenten für die Gründung der Burschenschaft gefunden. Die Gründung der Katholischen Burschenschaft der Glanzenburger zu Zürich erfolgte am 17. Juni 1959 in der Gaststätte Winzerhaus in Weiningen ZH mit der Signierung ihrer Grundsätze durch die fünf Gründer.

Der Publikationskommers der Burschenschaft offenbarte das schwierige Verhältnis zu den zürcherischen Sektionen des Schweizerischen Studentenvereins (Schw. StV) und zum zürcherischen Corporationen Verband (CV), welche die Veranstaltung boykottierten. Der Schw. StV kritisierte die Aufnahme von Mitgliedern ungeachtet ihrer Nationalität oder politischen Einstellung durch die KB Glanzenburger. Die Burschenschaft stand aufgrund ihrer Traditionen und zahlreichen Auslandkontakte unter dem Eindruck, germanophil zu sein. Die Glanzenburger sahen aufgrund ihrer im allumfassenden Sinne katholischen und burschenschaftlichen Prinzipien den Schw. StV wiederum als zu konservativ, zu wenig studentisch korporativ und zu wenig international studentisch-solidarisch an.

Die Öffnung des Schw. StVs gegenüber Ausländern am Zentralfest Sitten von 1962 führte zu keiner Entspannung der Beziehungen. Der zürcherische Senioren Convent der deutschsprachigen StV-Verbindungen beschloss 1964 den Boykott des 5. Stiftungsfests der KB Glanzenburger. Am 12. Juli 1964 lehnte der zürcherische CV einen allfälligen Beitritt der KB Glanzenburger ab. Ebenfalls im Sommersemester 1964 wurde ein Freundschaftsverhältnis zur KBStV Rhaetia München eingegangen.

Die KB Glanzenburger suchte aufgrund der schwierigen Verhältnisse in Zürich den Kontakt zum Ring Katholischer Deutscher Burschenschaften (RKDB). An der Ringtagung des RKDB in München vom 5. bis 7. März 1965 wurde der Ring Katholischer Burschenschaften (RKB) als Dachverband gegründet, dem die Landesverbände katholischer Burschenschaften Deutschlands, Österreichs und der Schweiz angehören. Durch eine Regelung in den Statuten des RKB konnte die KB Glanzenburger als einzige katholische Burschenschaft der Schweiz mit einem Landesverband gleichgesetzt werden.

Die KB Glanzenburger engagierte sich stark für das Gelingen des RKB, doch bereits an dessen Ringtagung im Jahre 1966 zeichneten sich Schwierigkeiten für den Dachverband ab. Die Burschenschaften des neu gegründeten österreichischen Landesverbandes fanden kaum Mitglieder und mehrere Burschenschaften mussten inaktiviert werden.

Die KB Glanzenburger nahm an der ausserordentlichen vereinigten Ringtagung des RKDB und RKB im Jahr 1967 in Freiburg im Breisgau eine umfassende Reform der RKB-Statuten in Angriff. Die Landesverbände sollten zugunsten eines handlungsfähigen RKB abgeschafft werden.

Da der RKB keine Befehlsgewalt über seine Landesverbände hatte, sondern lediglich ein Bindeglied freier und eigenständiger Burschenschaften zur Förderung des freundschaftlichen Zusammenhaltes darstellte, konnte die Reform nicht durchgesetzt werden. Der Versuch des Glanzenburgers Adolf Alois Steiner, die Verbandszeitschrift "Ring" in Anlehnung an die "Civitas "des Schw. StVs umzugestalten und dem RKB dadurch zum Durchbruch zu verhelfen, scheiterte. Mit dem darauffolgenden Rücktritt Steiners als Ring-Schriftleiter im Jahr 1968 setzte der allmähliche Ausstieg der KB Glanzenburger aus dem RKB ein.

Im Anschluss an den Ausbruch der Studentenunruhen von 1968, wurde der zürcherische CV 1969 aufgelöst. In dieser Zeit bestand aber auf Seiten der farbentragenden Studenten der Bedarf nach einem handlungsfähigen Verband, der ihre Interessen als Gegengewicht zu linken Studentengruppierungen zu wahren vermochte. Die Initiative zur Gründung eines neuen Verbandes ergriff die KB Glanzenburger im Wintersemester 1971/72. In der Folge gründeten, die Helvetia, die AKV Kyburger und die KB Glanzenburger die Vereinigung Couleurtragender Corporationen (VCC). Bereits nach dem Sommer 1973 ging aber nicht mehr viel Aktivität vom VCC aus, weshalb im November 1974 die farbentragenden Studentenverbindungen Akademisch Landwirtschaftliche Verbindung (ALV), SHV Rhodia, AV Welfen und Carolingia die Initiative zur Neugründung eines handlungsfähigen Verbandes ergriffen. Die KB Glanzenburger unterstützte von Anfang an die neue Initiative. Am 3. Februar 1976 fand die Gründerversammlung des Corporationen Convent Zürich (CCZ) statt, welchem die KB Glanzenburger am 19. Juni 1976 beitrat.

Persönliche Kontakte zwischen Mitgliedern des Schw. StV und der KB Glanzenburger trugen im Verlauf der 1960er Jahre dazu bei, dass sich ihr anfangs schwieriges Verhältnis entspannte. Der Austritt aus dem RKB und der Tod von Gründerbursche Rimli im Jahre 1973 führten zur Neuausrichtung der KB Glanzenburger auf den Schw. StV hin. Der neue Altherrenpräsident Fritz Bättig trat am 8. August 1974 mit dem damaligen Präsidenten des StV-Altherrenbundes Hans Bernet in Kontakt und nahm anschliessend auf offizielle Einladung hin am Zentralfest Baden von 1974 teil. 1975 wurde die Aufnahme von Beitrittsverhandlungen zum Schw. StV beschlossen. Bezüglich Mitgliedschaft wurde mit dem SchwStV vereinbart, dass alle aktiven Burschen automatisch Mitglieder des Schw. StV werden, Altherren diese Entscheidung aber freigestellt würde.

Die Frage nach dem Sinn des Katholischen im Namen der Burschenschaft wurde häufig aufgeworfen. Zahlreiche Diskussionen ergaben, dass man katholisch im altgriechischen Sinn als allumfassend sowie als Bekenntnis zur christlich abendländischen Tradition verstand.

Im Februar 2012 erfolgte die Umbenennung in Akademische Burschenschaft der Glanzenburger zu Zürich. Begründet wurde der Schritt damit, dass «Katholisch» ein falsches Bild von der Burschenschaft vermittle, da die interne Interpretation als allumfassend für Aussenstehende nicht offensichtlich sei und die Konfession noch bei keinem Kandidaten ein Argument gegen seine Aufnahme dargestellt habe.